NRL pro DNA diagnostiku

Hlavní odbornou činností NRL je  molekulárně-genetická diagnostika a monitorování vybraných onkohematologických onemocnění a přesné určování genotypů HLA jak pro účely transplantace hematopoetických kmenových buněk, tak pro další aplikace.

Pro tyto oblasti poskytuje laboratoř referenční vzorky a materiály, zajišťuje návaznost na mezinárodní standardy a ověřování výsledků pro další laboratoře.

Nedílnou součástí práce laboratoře je i poskytování odborných konzultací a pořádání specializovaných školících akcí a seminářů.

Odborné pracovní skupiny organizují externí kontrolu kvality (mezilaboratorní porovnání zkoušek – MPZ) pro některá vyšetření. NRL se zabývá i výzkumnou činností a slouží jako školící pracoviště.

NRL pro DNA diagnostiku je od roku 2002 akreditována Českým institutem pro akreditaci o.p.s. (ČIA) v Praze jako zkušební laboratoř pod číslem 1345 (dle ČSN EN ISO/IEC 17025 Posuzování shody – Všeobecné požadavky na způsobilost zkušebních a kalibračních laboratoří) pro stanovení v oblasti molekulární genetiky pro analýzu lidského genomu metodami PCR (rozsah uveden níže).

Formulář hodnocení laboratoře ke stažení.

Politika kvality NRL pro DNA diagnostiku

Pokud byste vznášeli stížnost na NRL pro DNA diagnostiku, proces bude postupovat dle níže uvedené směrnice.

Směrnice Vyřizování stížností

Aktuality

• Informace zadavatelům nový postup AlloSeq Tx17 (stáhnout, doc)
• Informace zadavatelům doplňkové vyšetření (stáhnout, doc)

Členění laboratoře do pracovních skupin a prováděná stanovení:

Oddělení molekulární genetiky

Vedoucí oddělení doc. Mgr. Kateřina Machová Poláková, Ph.D.

Technická vedoucí Mgr. Hana Žižková, Ph.D.

Prováděné akreditované zkoušky

• Stanovení typu přestavby fúzního genu BCR-ABL metodou multiplex RT PCR (NRL_03_SOP_14_02)
• Stanovení hladiny transkriptu BCR-ABL metodou real-time RT-qPCR (NRL_04_SOP_14_02/postup A)
• Stanovení mutací v kinázové doméně BCR-ABL metodou přímého sekvenování (NRL_04_SOP_14_02/postup B)
• Stanovení přepočtového koeficientu pro vyjadřování výsledků hladiny transkriptu BCR-ABL v mezinárodním měřítku (NRL_04_SOP_14_02/postup C)

Oddělení HLA

Vedoucí oddělení Ing. Milena Vraná

skupina HLA genotypizace:

Technická vedoucí: Ing. Milena Vraná

V současné době provádíme genotypizaci lokusů HLA I. a II. třídy: HLA‑A, ‑B, ‑C, ‑DRB1, ‑DQ, ‑DP na úrovni určení alelických skupin či jednotlivých alel. Pro testování se používají dvě metody - polymerázová řetězová reakce se sekvenčně specifickými primery (PCR-SSP, postup A), přímé sekvenování (postup B), real time PCR (postup C) a masivně paralelní sekvenování (NGS, postup D).

V rámci akreditované zkušební laboratoře provádíme testování diagnostických kitů a poskytujeme referenční materiály (DNA) s přesně definovaným genotypem HLA. Laboratoře zavádějící techniky genotypizace některých specifických HLA znaků mohou tyto referenční materiály využít. Součástí námi nabízených služeb je organizování specializovaných školících kurzů a seminářů a poskytování odborných konzultací.

Dané referenční materiály používáme také jako vzorky pro poskytované kontroly kvality (Stanovení HLA alel asociovaných s chorobami).

Prováděné akreditované zkoušky:

• Stanovení variant sekvencí genů souvisejících s hematologickými a imunologickými onemocněními a transplantačním programem krvetvorných buněk metodou PCR-SSP (NRL_05_SOP_14_02 postup A)

• Stanovení variant sekvencí genů souvisejících s hematologickými a imunologickými onemocněními a transplantačním programem krvetvorných buněk metodou přímého sekvenování (SBT) (NRL_05_SOP_14_02 postup B)

• Stanovení variant sekvencí genů souvisejících s hematologickými a imunologickými onemocněními a transplantačním programem krvetvorných buněk metodou real-time PCR (NRL_05_SOP_14_02 postup C)

• Stanovení variant sekvencí genů souvisejících s hematologickými a imunologickými onemocněními a transplantačním programem krvetvorných buněk metodou masivně paralelního sekvenování (NGS) (NRL_05_SOP_14_02 postup D)

Oddělení buněčného chimerizmu

Vedoucí oddělení: Mgr. Lucie Stefflová

Technická vedoucí: RNDr. Radka Žižková

Stanovení genotypů sekvenčních polymorfizmů slouží k identifikaci buněčné populace (postup A) a eventuálně poté následuje kvantitativní stanovení jednotlivých buněčných populací obsažených ve vzorku (postup B). Pro identifikaci a kvantifikaci využívá polymorfizmů typu short tandem repeats (STR) – fragmentační analýza a polymorfizmů typu krátkých inzercí a delecí (indels) - kvantitativní real-time PCR.

Oddělení buněčného chimerizmu také pravidelně 1x ročně zajišťuje na mezinárodní úrovni kontrolu kvality pro Kvantitativní vyšetření buněčného chimerizmu po alogenní transplantaci krvetvorných buněk.

Prováděné akreditované zkoušky:

• Stanovení genotypů sekvenčních polymorfizmů pomocí elektroforézy s použitím komerčních kitů (NRL_01_SOP_14_02/ postup A)
• Stanovení kvantitativního zastoupení genotypů ve vzorku analýzou sekvenčních polymorfizmů pomocí elektroforézy s použitím komerčních kitů (NRL_01_SOP_14_02, postup B)
• Stanovení genotypů sekvenčních polymorfizmů pomocí real-time PCR (NRL_07_SOP_14_02, postup A)
• Stanovení kvantitativního zastoupení genotypů ve vzorku analýzou sekvenčních polymorfizmů pomocí real-time PCR (NRL_07_SOP_14_02, postup B)

Objednávka stanovení – stáhnout (docx)